Stjepan Čota sveučilišni je specijalist fizikalne medicine i rehabilitacije s kliničkim iskustvom u području dječje rehabilitacije, neurorehabilitacije, dijagnostičkog ultrazvuka i ultrazvučno vođenih intervencijskih postupaka.
Poseban profesionalni interes usmjeren mu je na primjenu suvremenih ultrazvučnih dijagnostičkih i terapijskih metoda u rehabilitacijskoj medicini te na liječenje i rehabilitaciju djece sa skoliozama, spastičnošću i neurorazvojnim poremećajima. U svom radu bavi se i dijagnostikom i liječenjem sportskih ozljeda te drugih poremećaja sustava za kretanje.
Uz klinički rad aktivno je uključen u znanstveno-istraživački i nastavni rad. Doktor je znanosti iz područja kliničkih medicinskih znanosti, autor i koautor znanstvenih radova objavljenih u međunarodno indeksiranim časopisima te pozvani predavač na stručnim kongresima. Sudjeluje i u nastavi na poslijediplomskom specijalističkom studiju Fizikalne medicine i rehabilitacije Medicinskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu.
Kontinuirano se stručno usavršava u Hrvatskoj i inozemstvu, osobito u području ultrazvučne dijagnostike, ultrazvučno vođenih intervencijskih postupaka, neurorazvojne rehabilitacije i liječenja poremećaja sustava za kretanje.